Ci sono circa 75. 000 le specie di funghi scientificamente individuate, con gli scienziati credere che non ci possono essere fino a un milione di specie fungine non ancora identificato. Come specie differenti di funghi possono sembrare la stessa cosa superficiale, classificare in modo esatto è difficile, e di solito richiede l'applicazione di strumenti molecolari come il sequenziamento del DNA. Come il sequenziamento del DNA è ancora relativamente costoso, anche per i funghi con genomi nettamente inferiore a quello dei mammiferi, sarà probabilmente molti decenni prima che la maggioranza dei funghi sono classificati con certezza.

funghi più comuni comprendono muffe-che crescono in filamenti chiamati ife, funghi-organi di fruttificazione delle colonie fungine, e lieviti-il nome di eventuali funghi unicellulari. Tuttavia termini, questi sono ampie e muffe, lieviti e funghi possono essere trovati su diverse categorie tassonomiche di funghi. Fungal di classificazione a livello di phyla è complicato, ed è costantemente rimescolate. Funghi sono stati erroneamente classificati come piante, ma le successive indagini hanno scoperto in realtà hanno molto in comune con gli animali. Come le piante e gli animali, i funghi sono eucarioti.

Filogeneticamente, ci sono sette phyla di funghi. Il primo è il Chytridiomycota, o chytrids, la forma più primitiva di funghi, con circa 1. 000 specie identificate. Queste producono spore con flagelli (zoospore), e andare dopo anfibi, mais, erba medica, patate, e di altri organismi vulnerabili. Queste sono le più rappresentative di funghi che ha vissuto tutto il Paleozoico, essendo principalmente acquatici.

Blastocladiomycota è il phlya seconda dei funghi, creato solo come categoria distinta nel 2007. Come il chytrids, usano zoospore di riprodurre, e parassiti di tutti i gruppi principali degli eucarioti. Il terzo phyla, Neocallimastigomycota, sono funghi anaerobici che occupano principalmente lo stomaco dei ruminanti. Il loro nome contiene il suffisso greco riferimento a fruste,- mastix , per i loro numerosi flagelli. Phyla il secondo e il terzo sono entrambi inizialmente erroneamente classificati come chytrids.

La phyla quarto funghi sono i più familiari Zygomycota, chiamato per le spore Hardy sferica che producono. Se vedete un funghi con piccoli punti alle estremità delle ife (filamenti), che è Zygomycota. Ci sono oltre 600 specie di questo genere, e comprende muffa pane nero, uno dei funghi più frequentemente avvistato da esseri umani. Un altro è Pilobolus, un funghi in grado di espellere spore di molti metri attraverso l'aria.

Il phyla quinto funghi sono i Glomeromycota, noto come micorrize arbuscolari (AM) fungi. Fondamentalmente, questo termine significa "albero di funghi". Funghi albero può essere trovato in gran numero nelle radici di oltre l'80% delle famiglie di piante vascolari. Questo rapporto è simbiotico e antiche, che risalgono almeno 460 milioni di anni, per l'inizio della vita vegetale sulla terra.

La phyla sesto funghi sono i Ascomycota, noto come funghi sac. Questi fanno distinti sacche sferiche di tenere le loro spore, e contenere le specie più fuori di tutti i funghi. Esempi includono Penicillium, spugnole, tartufi, lievito di Baker, licheni, muffe polverosa, e molti altri. Molti di questi phyla sono pianta-patogeni.

La settima phyla di funghi sono i Basidiomycota, funghi o il club. Questo gruppo contiene i funghi più comuni. Si distingue per la presenza di una spora produzione struttura chiamata Basidio, più comunemente noto come un berretto. Insieme con Ascomycota, i funghi club sono noti come superiore Funghi.