un microscopio confocale è un particolare tipo di microscopio a fluorescenza utilizzato per ottenere alta qualità immagini 2D e 3D. Campo con un semplice (ampio) microscopio a fluorescenza, luce di una particolare lunghezza d'onda, è puntato su un campione, e il campione assorbe parte di quella luce, e riflette il resto ad una lunghezza d'onda. La lunghezza d'onda di luce passa attraverso uno specchio dicroico, che consente la più luce di lunghezza d'onda, ma non l'originale (più brevi), la luce di lunghezza d'onda di passare attraverso. La persona che lo visualizza il campione vede solo la luce che ha attraversato lo specchio dicroico. Microscopi a fluorescenza di acquisizione di base sia nella messa a fuoco e fuori-di-luce messa a fuoco, che funziona bene per gli esemplari di grandi dimensioni, dove una risoluzione molto alta non è necessaria. Non funziona così bene per la visualizzazione dei dettagli. Un microscopio confocale è necessario per catturare immagini fluorescenti ad alta risoluzione.

Il microscopio confocale utilizza un foro stenopeico per respingere fuori della luce messa a fuoco. Invece di luce che passa solo attraverso uno specchio dicroico, la luce viene passato sia attraverso uno specchio dicroico, e un foro stenopeico, il che significa che la persona che lo visualizza il campione vede solo un singolo punto del campione. Al fine di visualizzare un intero campione, mobili specchi di scansione luce attraverso un piano rettangolare del campione, e un computer raccoglie la luce emessa, come il campione viene digitalizzata. Una scansione completa si tradurrà in una fetta di ottica, o sezione, del campione. Questo tipo di microscopia è chiamato microscopia laser confocale a scansione, in parte perché il laser viene utilizzato come fonte di luce.

Per creare un'immagine 3D, diverse scansioni sono fatte, la creazione di diversi "fette" del campione, e un computer combina ogni fetta di creare un'immagine tridimensionale. Il microscopio può essere programmato per variare lo spazio tra le sezioni, a seconda di come fresco un'immagine 3D che l'utente vuole ottenere. Il microscopio può anche variare la velocità con cui esegue la scansione di un'immagine, con lenti di scansione attribuire una più elevata risoluzione di velocità di scansione.

Il microscopio confocale è diventata un pezzo molto usati nella vita delle attrezzature di molti Science Laboratories. Sono costosi, e un po 'grandi, e spesso sono sale dedicate al loro uso, in quanto la stanza deve essere buia, al fine di ottenere una buona immagine fluorescente. Microscopio confocale, anche se sono più comunemente utilizzato per visualizzare le cellule e le strutture all'interno delle cellule, che possono essere utilizzate per ottenere un'immagine di qualsiasi modello fluorescenti tre dimensioni, e talvolta sono utilizzati per visualizzare materiali semiconduttori.