In elettroforesi su gel, una corrente elettrica viene applicata ad una matrice di gel che contiene i campioni di DNA, RNA o proteine. Le cause della corrente elettrica le proteine o molecole di acido nucleico a muoversi attraverso il gel, consentendo per la separazione di molecole di dimensioni diverse. Questa tecnica è utilizzata per individuare e isolare le molecole di una dimensione particolare da una miscela di acidi nucleici o di proteine.

La prima fase del protocollo di elettroforesi del gel è di mettere un blocco di gel in un piccolo serbatoio di partecipazione. Il gel è costituito da un composto che forma un solido a temperatura ambiente, e ha una carica neutra. Il serbatoio che contiene il blocco gel viene poi riempito con sufficiente di una speciale soluzione tampone gel elettroforesi per coprire completamente il gel.

Ad una estremità del blocco di gel è una serie di piccoli pozzi. Una piccola quantità di un campione di DNA o delle proteine si aggiunge a ciascun pozzetto. Ogni singolo contiene anche un campione sperimentale con una miscela sconosciuta di acido nucleico o proteina. Un ulteriore contiene anche un campione di controllo con una miscela di acidi nucleici o di proteine di dimensioni note. Ciascun campione, compreso il controllo, è stato mescolato con un colorante per aiutare a identificare le posizioni dei campioni di una volta che l'elettroforesi è completa.

Dopo tutto questo lavoro sul set up è stato completato, l'elettroforesi viene avviata mediante l'applicazione di una corrente elettrica per il serbatoio in cui il gel si trova. La corrente elettrica spinge le molecole del campione attraverso il gel, a una velocità che è proporzionale alle dimensioni della molecola. Le molecole più piccole di viaggio attraverso il gel rapidamente, mentre quelli più grandi di viaggio lentamente. Come il viaggio molecole, si separano su gel base alle loro dimensioni.

Quando la tinta di colore raggiunge l'altra estremità del gel, la corrente elettrica viene rimosso, e il gel è colorato con una soluzione che esalta il colore della tintura. Infine, il gel viene "letto", misurando quanto ogni molecola ha viaggiato durante il tempo concesso per l'elettroforesi. Questa informazione può essere usata per calcolare la dimensione di ogni molecola in ciascuno dei campioni.

Ci sono diversi tipi di tecniche sperimentali che utilizzano l'elettroforesi. In una macchia del sud, l'elettroforesi del gel viene utilizzato per isolare frammenti di DNA o RNA. Il Western Blot utilizza poliacrilammide gel elettroforesi per isolare le proteine da una miscela. Ognuna di queste tecniche è utilizzato per cercare un pre-definito alcune sequenze di acidi nucleici o di proteine. Elettroforesi e le tecniche di blotting sono utilizzati in molti settori della ricerca biologica, così come in medicina e delle scienze forensi.